Mitten in der Zeit der wirtschaftlichen Blüte traf es wieder die St. Johanniskirche als ein Blitz aus schönstem Sommerhimmel im Juni 1907 den Südwestturm zündete und die gesamte Kirche bis aufs steinerne Gewölbe vernichtete. Die Glocken, die mit ihrem harmonischen Geläut das Entzücken aller Leute von nah bis fern waren, gingen verloren. Die prosperierende Stadt konnte den Wiederaufbau ihrer Hauptkirche besser gestalten und als nach einem halben Jahr die 4 Glocken am Bahnhof angeliefert wurden, war halb Ellrich auf den Beinen, um den Festzug durch die Stadt mitzumachen. Mitte Januar 1908 tönten  bereits die neuen Mollakkorde  über die Stadt und wurde in fernen Dörfern wie Appenrode und Branderode als äußerst angenehm empfunden.

Nach 1.Weltkrieg und turbulenter Nachkriegszeit senkten sich die Schatten der braunen Diktatur über das Land und dann kam  der letzte große Krieg. Dem System war die Kirche lästig sobald ein beherzter Pfarrer die schlimmen Geschehnisse beim Namen nannte. Ende 1944 kam der nach starken Verwundungen k.u. (kriegsuntauglich) gestellte Pfarrer Höpfner an die ST. Johanniskirche. Die Kirche wurde stets voll, wenn er seine schrecklichen Kriegserfahrungen  und viele Gräueltaten offen anprangerte und davon gab es mehr als genug im damaligen Ellrich. Wie kam das?

Das ums Überleben kämpfende Nazisystem hatte die Produktion der V-Waffen (Vergeltungswaffen) bombensicher im großen Gipsberg Konstein versteckt und das KZ Dora darüber eingerichtet. Zwei große Arbeitslager wurden in Ellrich aufgebaut. In diesen Lagern wurden Facharbeiter aus allen besetzten Ländern zusammen mit jüdischen und anderen Häftlingen als Arbeitssklaven gehalten – Produktion um jeden Preis, viel zu oft kam der Tod durch Unterernährung  und Überarbeitung.

Wenn Pfarrer Höpfner dann systemkritisch sehr deutliche Äußerungen machte, saß damals ein höherer Stadtbeamter  hinten und schrieb alles für die Gestapo mit. Aber die Gemeinde stand mehrheitlich hinter seinem Pfarrer, der kriegsbeschädigt auch gewisse Nachsicht erfuhr, so dass man ihn gewähren ließ.

Die US-Armee kam und überließ die Stadt den Russen. Die Folgen waren katastrophal für Ellrich! Was nützte es, dass Müllermeister, Kommandant und Offizier a. D. Nutmann unter Lebensgefahr die unversehrte Übergabe der alten, idyllischen Stadt an die Amerikaner erreichte! Die Stadt verlor nicht nur durch Demontage und Reparationslieferungen vieler Produktionsstätten, viel schlimmer war der schleichende Verlust bürgerlicher Rechte und die beginnende rote Diktatur, die die wichtigste Ressource, die selbstbewussten und produktivsten, vor allem junge Menschen in den Westen trieb. Es war bei vielen Grenzorten ähnlich, doch kaum so schlimm wie in der nördlichsten Stadt Thüringens, die wie ein abgeschnürter Sack in den Westen hereinreichte. Mit der Verstärkung der Grenzsicherungen 1951 bis 1961, zum Höhepunkt des kalten Krieges – erreichte auch der Aderlass an Menschen ihren Höhepunkt. In der abgeriegelten Grenzstadt Ellrich, deren mögliche Oppositionelle in einer Nacht- und Nebelaktion tief in die DDR deportiert wurden, blieben immer wenigere, meist ältere Einheimische, die sich unterordnen mussten.

Wenn Pfarrer Höpfner wieder offene Worte  in seinen Predigten fand und den Menschen diesmal die Übeltaten der „Roten“ vor Augen hielt, saß wiederum der alte/neue Stadtbeamte im hinteren Gestühl und notierte alles für die Stasi.

Pfarrer Höpfner ging zum Glück noch zeitig in Pension in den Westen, so dass er den Verfall der St. Johanniskirche nicht vor Ort erlebte. 1962 begann der Abbau der verfallenden Turmspitzen, allmählich bis 1990 schließlich der Abriss des Turmes: Die Kirche war Ruine und völlig ausgeplündert worden.

Ende 1990 kam als Resultat der erstmalig „friedlichen“ Revolution aus den Reihen der in der DDR verbliebenen Deutschen die Wiedervereinigung zustande. Eigentlich sollte nun alles besser werden. Für das Grenzstädtchen Ellrich wirkte sich die Nähe des Westens aber vorerst negativ aus: Der Sog des besseren Verdienens und höheren Lebensstandards zog immer mehr Leute in den Westen. Die Folgen: Einwohnerschwund bis heute auf unter 50%, verfallende uralte Fachwerkhäuser und Baulücken und nur sehr verhaltener Optimismus.