In der Hauptkirche St. Johannis wurde auch die Reformation Nordthüringens am frühesten vorangetrieben: 1525 predigte dort ein ehemaliger Walkenrieder Mönch (soll Klosterkämmerer gewesen sein) bis zu seiner Erblindung, die ihn in Armut fallen ließ. Als Luther davon hörte, war er darüber so erbost, dass er 1542 einen zornigen Brief an Justus Jonas schrieb.

Dem nachfolgenden Oberpfarrer Simon Kleinschmidt gelang es von der St. Johanniskirche aus die ganze Südharzregion (Grafschaft Honstein) zu reformieren. 1556, als auf einer Synode im benachbarten Kloster Walkenried die Einführung der evangelischen Religion nach der Augsburger Konfession für die Grafschaft beschlossen wurde, hielt Kleinschmidt die Abschlussrede und dankte dem Abt für die Bewirtung. Das war ihm wichtig, war seine Ellricher Bezahlung doch so schlecht, dass nach einer Stiftung des Magister Schmaling jeder Kirchenbedienstete allsonntäglich  zwei Semmeln erhielt. Bekannt wurde auch Kleinschmidts Kommentar zu Luthers Kleinen Katechismus. An dieser Stelle können die Ellricher bei aller Knauserigkeit oder Armut des Magistrats ein wenig stolz auf ihre St. Johanniskirche sein, dass den Auswüchsen  mittelalterlichen Papsttums von hier aus mit Paroli geboten wurde und ein Stück Basis bereitet wurde zur heutigen freiheitlichen Gesellschaft.