Die Grafen von Klettenberg, die zeitweilig in Ellrich residierten, ließen bereits Ende des 12. Jahrhunderts die Kirche erweitern und ausbauen. Später wird der Einfluss der Honsteiner Grafen größer, die dort 1292 Münzen prägen ließen. Im Stadtwappen findet sich seitdem das rot-weiß-karierte Schild der Honsteiner wieder. 1315 stellt Ellrich sich als wehrhafte „stat“ (althochdeutsch) mit Stadtmauer, vielen Türmen und Stadttoren dar.

Obwohl romantisch von Wäldern und Bergen eingeschlossen, liegt die Stadt verkehrsgünstig  am Kreuzungspunkt des Nordhäuser Handelswegs nach Westen und der Harzquerung von Norden, der alten „Elrikeschen strate“, der kürzesten Verbindung von Goslar und Harzburg nach Thüringen, auf dem die Könige zogen und die im Zorgetal in die Ellricher Flur endet, einer Niederung, die heute noch Königstuhl heißt – wohl früher eine königliche Gerichtsstätte war. Später wurde diese Straße auch der Kaiserstieg genannt.